(1)有效殺滅水源水中的微生物，保證出廠水的微生物安全。在日本、美國一定水源和工藝條件下的試驗研究及工程實踐表明，出廠水濁度不大于0.1NTU是保證供水微生物學安全的重要條件之一，絕大部分有機物和微生物可以去除，隱孢子蟲的去除可達到3log左右。目前我國規模以上供水工程出廠水濁度限值不大于1NTU，規模以下供水工程出廠水濁度限值不大于3NTU。由于我國絕大多數農村供水工程水處理設施及運行效果差，很難達到出廠水濁度不大于0.1NTU的要求，只有靠消毒殺滅水源水中微生物，保證出廠水的微生物安全。

(2)在輸配水過程保留部分消毒劑余量，防御微生物污染，保證末梢水安全。由于農村供水常規處理去除水源水中有機物效果有限，進入管網系統中水的生物穩定性差，易滋生微生物。目前，國際上普遍以生物可同化有機碳作為飲用水生物穩定性的評價指標。一般認為，在不保證消毒劑余量條件下，AOC在10~20μg/L之間的飲用水生物穩定。調查研究表明，目前常規水處理對AOC的去除效果十分有限，大部分城鄉水廠出水遠不能達到生物穩定的標準。需要通過消毒，使出廠水在輸配水管網、儲水容器中保留必要的消毒劑余量，才能起到防御微生物污染的作用。